Stasiun ini dibangun pada tahun 1922 oleh Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij. Dan menjadi stasiun paling dekat dengan pusat kota pada jaman dahulu, yaitu Kraton dan Kantor Residen. Karena letaknya tersebut, stasiun ini kemudian dinamakan Stasiun Kota. Saat ini stasiun Sangkrah menjadi terminus, karena hanya beroperasi untuk kereta api uap Jaladara yang ditarik lokomotif C1218 dan jalur railbus Bathara Kresna relasi Purwosari – Wonogiri PP